L'any 1940, l'Ajuntament de Palamós va iniciar un expedient d'agregació de Sant Joan al seu municipi. Dos anys més tard i per ordre del Ministerio de Gobernación, les dues localitats s'integraven en un únic municipi amb la denominació i la capitalitat de Palamós. Des d'aleshores, la gent de Sant Joan ha tingut com a objectiu mantenir viva la seva pròpia identitat. Una de les reivindicacions més recurrents ha estat la d'aconseguir que el terme 'Sant Joan' estigui present en el topònim municipal. L'Ajuntament de Palamós sempre ha anat donant allargues a aquesta aspiració. Arran de les últimes reivindicacions de l'Associació de Veïns en aquest sentit, l'alcalde Lluís Puig, d'Esquerra Republicana de Catalunya, va proposar sotmetre el tema a un procés participatiu. Posteriorment, va matisar que abans d'abordar això calia posar les bases perquè Sant Joan tingui més visibilitat dins el municipi, a través d'accions socials, culturals o altres. Sigui com sigui, des de l'Associació de Veïns no abandonen l'objectiu, com explica el seu president, Francesc Matés.
A final de l'any passat, l'Associació de Veïns de Sant Joan va entrar una petició al registre de l'Ajuntament de Palamós demanant a tots els grups municipals que considerin incorporar a partir del 2017 el nom de Sant Joan en el topònim municipal.
L'AAVV de Sant Joan diu que el reconeixement del topònim arribarà tard o d'hora
La Festa Major d'estiu de Sant Joan ha commemorat recentment, amb un gran èxit de públic, els 75 anys de l'agregació d'aquest nucli al municipi de Palamós. En el seu afany de mantenir la identitat del poble, però, als veïns de Sant Joan els queda ara el repte pendent d'aconseguir que el topònim municipal reconegui aquesta realitat.