En moments crítics, la depuradora de Palamós també mostra les seves limitacions. Quan hi ha pluges fortes, per exemple, l'estació supera la seva capacitat i vessa cap a la riera de Castell. El regidor de Medi Ambient de l'Ajuntament de Palamós, Èrik Solés, explica que ja fa temps que demanen solucions a la Generalitat i al Consorci de la Costa Brava.
En el període 2016-2021 estan previstes inversions en tot el sistema de depuradores, per valor de sis milions d'euros. En aquest sentit, s'han planificat millores a la de Palamós, entre altres coses per a solventar els problemes de pudors que genera la instal·lació. La depuradora de Palamós va entrar en servei l'any 1985. Està dotada amb un sistema biològic de tractament terciari, de manera que l'aigua depurada es pot reutilitzar per a usos ambientals i municipals, com ara el rec de zones verdes. A més de sanejar les aigües residuals, la depuradora també contribueix a la millora mediambiental de les aigües marines.
Les depuradores del Baix Empordà donen servei al 95 per cent de la població.
Les depuradores d’aigües residuals garanteixen el sanejament del 95 per cent de la població del Baix Empordà. La comarca disposa de 13 instal•lacions de tractament d’aigües, més de 190 quilòmetres de col•lectors i 93 estacions de bombament. La depuradora de Palamós, amb 30 anys de servei, és una de les tres més antigues de la comarca.